Ein Prüfbericht zu den Milliardenausgaben von Auswärtigem Amt und Entwicklungshilfeministerium hat eine Debatte über die Aufgabenverteilung zwischen beiden Häusern ausgelöst. Das Finanzministerium hatte in einer Analyse den mangelnden Überblick über geförderte Projekte, Doppelarbeit und die Gefahr von Doppelförderungen angesprochen, weil es bislang an systematischen Abstimmungen zwischen beiden Häusern fehle. So kam beispielsweise heraus, dass beide Ministerien mit Geld aus ihren Etats Schulen in Krisenländern instand setzten und Lehrer bezahlten. Der CSU-Politiker Peter Ramsauer, Vorsitzender im Ausschuss für wirtschaftliche Zusammenarbeit und Entwicklung, wirft dem SPD-geführten Außenministerium vor, Zuständigkeiten zu überschreiten. "Schulen renovieren und Lehrergehälter finanzieren - das hat nichts mit dem originären Auftrag des Auswärtigen Amtes zu tun", sagte Ramsauer der Süddeutschen Zeitung. "Das muss alles mit Fragezeichen versehen werden." Dafür hätte Deutschland das Bundesministerium für wirtschaftliche Zusammenarbeit und Entwicklung mit seiner eigenen Identität. "Dieses ist ja kein diplomatischer Wurmfortsatz des Auswärtigen Amtes."
2012 war unter FDP-Außenminister Guido Westerwelle die komplette Zuständigkeit für humanitäre Hilfe ins Auswärtige Amt gegangen. Seither hat das Außenministerium den finanziellen Einsatz in Krisenländen systematisch ausgebaut und ist immer stärker in Konkurrenz zum Entwicklungshilfeministerium getreten.
Der FDP-Außenpolitiker Alexander Graf Lambsdorff nannte die Doppelarbeit "ärgerlich und überflüssig". Statt "nebeneinander her zu arbeiten", müssten beide Häuser schnell Teams für bestimmte Regionen bilden, damit die Doppelförderung ein Ende habe. Wenn zudem die Bundeswehr im Einsatz ist, wie etwa in Mali oder Afghanistan, müsste auch das Verteidigungsministerium dazukommen. Vom "vernetzten Ansatz" sei immer wieder die Rede, nur so könne er Wirklichkeit werden. Der SPD-Haushaltspolitiker Dennis Rohde zog angesichts der Kritik einen Vergleich zum Verteidigungsministerium. Dort sehe man, "wie Abstimmungs- und strukturelle Defizite zu Projektverzögerungen, Durcheinander und unnötigen Mehrausgaben" führten. Der Bericht trage dazu bei, dass das Geld "effektiver" eingesetzt werden könne.