Richter sind, so das Grundgesetz, unabhängig; Staatsanwälte sind es nicht. Im Grundgesetz sind sie gar nicht eigens erwähnt; sie sind Justizbeamte, also weisungsgebunden wie jeder Beamte. Diese Gebundenheit ist im Gerichtsverfassungsgesetz von 1879 ausformuliert. Dort heißt es: "Die Beamten der Staatsanwaltschaft haben den dienstlichen Anweisungen ihres Vorgesetzten nachzukommen." Der Vorgesetzte des Staatsanwalts ist sein Gruppenleiter, darüber steht der Oberstaatsanwalt, darüber der Leitende Oberstaatsanwalt; der Chef aller Staatsanwälte in seinem Bezirk ist der Generalstaatsanwalt. Der untersteht dem Landesjustizminister.
Das alte Bild von der Staatsanwaltschaft als "Kavallerie der Justiz" beschreibt die Gesetzeslage gar nicht schlecht: Pferde liegen am Zügel, Staatsanwälte auch. Sie sind doppelt weisungsgebunden: extern an die Weisungen des Ministers, intern an die Weisungen des vorgesetzten Staatsanwalts. Gemessen an der Zahl der Verfahren kommen förmliche Weisungen selten vor; aber gerade auf diese Verfahren kommt es an - es sind immer heikle Verfahren wie der Fall Gysi, der Fall Wulff, der Fall Edathy. Vom früheren nordrhein-westfälischen Justizminister Wolfgang Gerhards (SPD) wird die Bemerkung kolportiert, dass die Justizministerien in acht Bundesländern von ihrer Weisungsmacht "exzessiv" Gebrauch machen. Das geschieht selten schriftlich; oft mündlich. Öffentlich (wie im Fall Gysi) werden die Weisungsfälle selten; Staatsanwälte sind zur Verschwiegenheit verpflichtet.
Wenn ein Staatsanwalt Bedenken gegen die Rechtmäßigkeit einer Anweisung hat, muss er, wie jeder andere Beamte, "remonstrieren", also gegen die Weisung Einwände erheben. Wenn die Vorgesetzten beharren, muss er, der Gehorsamspflicht wegen, die Weisung ausführen - es sei denn, dass er damit eine Straftat oder eine Ordnungswidrigkeit begehen würde. So kann er sich selbst davor schützen, rechtlich belangt zu werden; allerdings muss er dann gewärtigen, dass er seines Dienstes nicht mehr froh wird. Hartnäckig remonstrierende Staatsanwälte gibt es daher höchst selten. Helden? In der Regel werden sie als Querulanten abgestempelt. Der Staatsanwalt steht also zwischen Eigenverantwortung und Weisungsgebundenheit.
Berufsverbände der Richter und Staatsanwälte fordern seit Langem ein eigenes Staatsanwaltsgesetz und das Ende des politischen Weisungsrechts. Unterstützung dafür gibt es aus Europa: Der Europarat hat seine Mitglieder aufgefordert, Maßnahmen zu treffen, dass "Staatsanwälte ihre Aufgaben ohne ungerechtfertigte Einmischung erfüllen können". Und die EU-Kommission meint, den Status des EU-Staatsanwalts betreffend: Er dürfe "Weisungen weder anfordern noch entgegennehmen". Genau das möchten die deutschen Staatsanwälte auch so geregelt wissen.