Auf dem Höhepunkt seines Ruhms holte den Sportler und Forscher seine braune Vergangenheit ein. Der Stern veröffentlichte 1997 Dokumente aus dem Bundesarchiv, die belegten, dass Harrer in den nationalsozialistischen Organisationen SA, SS und NSDAP Mitglied war. Bis zu dem Zeitpunkt hatte Harrer über seine Nazi-Vergangenheit geschwiegen, wofür er nun heftig kritisiert wurde. Noch im Jahr der Enthüllungen sagte Harrer in einem Spiegel-Interview, er sei nur aus Opportunismus und beruflichem Ehrgeiz eingetreten und nie aktives Mitglied gewesen.
Die Öffentlichkeit verzieh ihm schnell: Jean-Jacques Annaud, Regisseur von "Sieben Jahre in Tibet", sagte dem Rheinischen Merkur, Harrer "mag ein Mitläufer gewesen sein, aber kein Täter". Der Stern bescheinigte ihm "Liebe und Verständnis für fremde Völker" und schrieb, Harrer zeige "nirgendwo Nationalismus oder Überreste von Nazi-Ideologie." Harrers Freundschaft mit dem Dalai Lama stellte ihm ein gutes Zeugnis aus. Zuletzt besuchte das geistige Oberhaupt der Tibeter seinen alten Lehrer zu dessen 90. Geburtstag in Kärnten.