1. November 2005: Stoiber gibt nach längerem Taktieren seine Pläne für ein Ministeramt in der großen Koalition auf. Die Partei ist irritiert, der "Erbfolgekrieg" zwischen Innenminister Günther Beckstein und Staatskanzleichef Erwin Huber wird abgeblasen.
14. November: Der CSU-Chef räumt ein, nicht genug mit der Landtagsfraktion geredet zu haben. Er leide "wie ein Hund", weil das Ansehen der CSU Schaden genommen habe. Ende des Monats bildet er sein Kabinett um, kann die Lage jedoch nicht beruhigen.
19. Mai 2006: Stoiber hat sich in Umfragen deutlich vom Stimmungstief des Winters 2005 erholt. Bald danach stürzen die Werte auf dem ZDF-Politbarometer jedoch wieder ab.
24. Juni: Der Ministerpräsident stellt die Reformpläne der SPD-Bundesgesundheitsministerin Ulla Schmidt in Frage. Vizekanzler Franz Müntefering und andere SPD-Politiker kontern später, Stoiber fehle es an Loyalität zur Koalition und auch zu Kanzlerin Angela Merkel (CDU).
August: Die Fürther Landrätin Gabriele Pauli (CSU) macht sich mit einer Klage gegen die Landesregierung bemerkbar. Darin geht es um die Kosten für die Einführung des achtjährigen Gymnasiums.
12. Oktober: Pauli verlangt am Rande des CSU-Parteitags in Augsburg erstmals, Stoiber solle auf die Spitzenkandidatur bei der Landtagswahl 2008 verzichten.
November: Ohne Abstimmung mit der Partei eröffnet Pauli auf ihrer Webseite ein Diskussionsforum zur Kandidaturfrage.
18. Dezember: Im Parteivorstand wirft Pauli Mitarbeitern der Staatskanzlei vor, man habe versucht, ihr Privatleben telefonisch auszuforschen. Vier Tage später bittet Stoibers langjähriger Büroleiter Michael Höhenberger um seine Entlassung.
21. Dezember: Pauli verlangt eine Mitgliederbefragung zur Spitzenkandidatur. Ende des Jahres mehren sich Forderungen nach ihrem Parteiausschluss.
3. Januar 2007: Das Meinungsforschungsinstitut Forsa ermittelt ein verheerendes Stimmungstief für Stoiber und die CSU.
9. Januar: Auf der Klausur der CSU-Landesgruppe des Bundestags in Wildbad Kreuth irritiert Stoiber mit der Ankündigung, bis 2013 im Amt bleiben zu wollen. Später deutet er einen früheren Rückzug an. 15./16. Januar: Auf dem Treffen der CSU-Landtagsabgeordneten, ebenfalls in Wildbad Kreuth, drängen mehrere Mitglieder der Fraktionsführung auf eine rasche Entscheidung. Stoiber hatte zuvor seine Bereitschaft zum Verzicht auf die Kandidatur angedeutet.
17. Januar: Die CSU-Landtagsfraktion vertagt nach rund zehnstündiger Krisensitzung die Entscheidung über die Spitzenkandidatur für die Landtagswahl 2008. Führende CSU-Politiker fordern weiter eine schneller Klärung. Stoiber warnt hingegen vor überstürztem Vorgehen.
18. Januar: Nach Angaben aus der CSU-Landtagsfraktion ist eine Vorentscheidung gefallen. Danach soll Innenminister Günther Beckstein Regierungschef und Wirtschaftsminister Erwin Huber Parteivorsitzender werden.
Kurz nach 14 Uhr erklärt Stoiber, er werde am 30. September als Ministerpräsident zurücktreten, auch sein Amt als CSU-Chef gebe er ab.