Mohnhaupt schloss sich 1971 der RAF an. 1972 wurde sie erstmals gefasst und zu fünf Jahren Haft verurteilt. Im Gefängnis Stuttgart/Stammheim traf sie die RAF-Gründer Andreas Baader, Gudrun Ensslin und Jan-Carl Raspe.
Wieder in Freiheit, übernahm Mohnhaupt das Kommando über die zweite RAF-Generation. Neben mehreren Morden plante sie die Entführung der Lufthansa-Maschine ,,Landshut'', durch die die RAF-Gefangenen freigepresst werden sollte. 1982 wurde Mohnhaupt verhaftet.
Aus dem Gefängnis heraus versuchte sie erst noch Einfluss zu nehmen auf die Strategie ihrer Nachfolger. "Sinn und Inhalt unserer Politik" seien Teil ihres Lebens, "eine untrennbar zusammengewachsene existenzielle Einheit", schrieb sie 1993.
Doch die einstigen Kampfgefährten lehnten ihren Anspruch auf die RAF ab. In einem Brief, der im November 1993 bei der Nachrichtenagentur AFP einging, vollzogen sie den Bruch mit Mohnhaupt und Klar.