Die Bundesanwaltschaft hat Beate Zschäpe als Mittäterin wegen Mordes angeklagt, aber auch vier weitere Beschuldigte werden vor Gericht gestellt. Ex-NPD-Funktionär Ralf Wohlleben sowie Holger G., Carsten S. und André E. halfen dem NSU mit Waffen und Ausweispapieren.
Der ehemalige nordrhein-westfälische Innenminister Fritz Behrens (SPD) hat vor dem NSU-Untersuchungsausschuss im Bundestag Fehler bei den Ermittlungen nach dem NSU-Nagelbombenanschlag in der Kölner Keuptstraße im Jahr 2004 eingeräumt. Er habe bis zum Auffliegen des NSU einen Zusammenhang zu den anderen Taten der Terrorgruppe nicht für möglich gehalten und sprach von einer "fatalen Fehlentscheidung mit verheerenden Folgen". Er sagte, an die Opfer und Angehörige gerichtet: "Ich entschuldige mich dafür". Damals waren vor einem türkischen Friseursalon 22 Menschen zum Teil lebensgefährlich verletzt worden.
Behrens wies allerdings den Vorwurf zurück, frühzeitig einen rassistischen Hintergrund der Tat ausgeschlossen zu haben. Er habe dies öffentlich nicht so dargestellt und "keinerlei Weisung in diese Richtung gegeben", sagte Behrens.
Behrens wies den Vorwurf zurück, in die Ermittlungen eingegriffen zu haben. Die damals von ihm gestellte Frage: "Warum ist der Verfassungsschutz eingeschaltet?" sei nicht in der Absicht erfolgt, diese Einschaltung zu beenden. Hinweise auf einen terroristischen Anschlag habe es zunächst nicht gegeben.
Die Ermittlungen nach dem Anschlag fokussierten sich sehr schnell auf einen Hintergrund im Bereich der organisierten Kriminalität. Der Begriff "Terroristischer Anschlag" wurde noch am Tattag aus einem Rundschreiben der Polizei wieder rausgestrichen. Nach heutiger Kenntnis war die rechtsextreme Terrorgruppe Nationalsozialistischer Untergrund (NSU) für das Attentat verantwortlich.
Der Unions-Obmann im Ausschuss, Clemens Binninger, äußerte die Ansicht, dass bei den Ermittlungen in Köln die möglicherweise größte Chance vertan wurde, dem NSU-Terrortrio früher auf die Spur zu kommen.
Das Bundeskriminalamt veröffentlichte im Mai 2012 bis dato unbekannte Fotos des Zwickauer Neonazi-Trios. Die privaten Urlaubsbilder von Uwe Böhnhardt, Uwe Mundlos und Beate Zschäpe entstanden vermutlich zwischen 1990 und 2009.
Behrens gab zu, unmittelbar nach dem 9. Juni 2004 in den Urlaub gegangen zu sein und in den ersten Tagen nach dem Anschlag im wesentlichen telefonisch mit den Ermittlern Kontakt gehalten zu haben. Ob er auch mit dem damaligen NRW-Ministerpräsidenten Peer Steinbrück (SPD) telefoniert habe, konnte Behrens aus der Erinnerung nicht sagen. Er halte es aber für wahrscheinlich.