Den Termin für den offiziellen Spatenstich verkündete Ministerpräsident Horst Seehofer selbst: Am 5. April 2017 soll es um 15 Uhr am Marienhof losgehen. Dabei haben erste Vorarbeiten schon begonnen, nämlich am Hauptbahnhof. Arbeiter legen Fernwärme- und Abwasserleitungen um, die den Tunnelbauern im Wege sind. Schon jetzt ist für Rad- und Autofahrer die Durchfahrt von der Arnulf- zur Bayerstraße versperrt. Solche Einschränkungen wird es in den kommenden Jahren häufiger geben, sobald die Bahn mit den Hauptbauarbeiten richtig loslegt.
Am Hauptbahnhof soll damit im Frühjahr 2017 begonnen. Denn dort steht eine der kompliziertesten Aufgaben an: Weite Teile des bestehenden Empfangsgebäudes müssen abgerissen werden, damit die Arbeiter das geplante Zugangsbauwerk zur unterirdischen Station 40 Meter tief in die Erde betonieren können. Wiedererrichten wird die DB das alte Empfangsgebäude übrigens nicht: Die Manager planen, nach Fertigstellung des zweiten Tunnels ein komplett neues Bahnhofsgebäude zu errichten. Das soll, so schätzen es die Ingenieure, zwischen 700 Millionen und einer Milliarde Euro kosten.
Steuergeld soll dafür nicht verwendet werden; die DB zahlt das selbst.
Auch auf dem Orleansplatz sowie auf dem Marienhof hinterm Rathaus werden über die geplante Bauzeit von neun Jahren große Baugruben für die Tiefbahnhöfe klaffen. In Haidhausen sind zudem vor dem Irish Pub in der Kellerstraße sowie in der Grünanlage südlich des Maximilianeums weitere Baugruben geplant, weil dort Rettungsschächte in den Untergrund getrieben werden.
Den sieben Kilometer langen Tunnel selbst will die Bahn weitgehend mit Tunnelvortriebsmaschinen in den Untergrund fräsen. Weil zwei separate Röhren zu bauen sind, werden vier solcher Ungetüme benötigt. Zwei sollen sich vom Startschacht an der Donnersbergerbrücke aus durch den Untergrund in Richtung Osten vorarbeiten, die anderen beiden vom Leuchtenbergring aus gen Westen. Unter anderem werden sich die Maschinen auch durch das Erdreich unter der Frauenkirche buddeln. Kritiker befürchten, der Dom könnte durch die Arbeiten beschädigt werden. Die Bahn verspricht, dies werde nicht geschehen. Den Aushub aus den Tunneln will die Bahn weitgehend über die Schiene abtransportieren, gleichwohl werden zu den großen Baugruben aber zahlreiche Lkw unterwegs sein.