Viel zu teuer sei der zweite Tunnel, sagen die Kritiker des Projekts. Und das Geld werde quasi zum Fenster rausgeschmissen, weil der Freistaat damit für viele Nahverkehrsnutzer die Situation nicht verbessere, sondern vielmehr verschlechtere. Denn schon jetzt setzt die Deutsche Bahn (DB) auf einigen S-Bahn-Strecken Verstärkerzüge zu den Hauptverkehrszeiten ein - und bietet mit diesen einen Zehn-Minuten-Takt an. Der Grundtakt beim neuen Tunnel sieht aber nur Fahrten alle 15 Minuten vor - für Nutzer dieser S-Bahn-Äste verschlechtere sich die Situation damit. Hinzu komme, dass künftig zahlreiche Fahrgäste, die zum Beispiel zum Rosenheimer Platz oder zum Isartor möchten, zum Umsteigen gezwungen werden, eben weil ihre S-Bahn künftig nicht mehr durch den ersten Stammstrecken-Tunnel fährt, sondern durch die zweite Röhre.
Weitere Kritikpunkte sind unter anderem der aus Sicht der Gegner unzureichende Brandschutz, die langen Umsteigewege an den Knotenpunkten - und das Geld, das an anderen Stellen fehlen werde. Die mehr als drei Milliarden, argumentieren die Gegner, ließen sich sinnvoller einsetzen: So könnten damit der Bahn-Südring ausgebaut sowie Engpässe im gesamten Netz beseitigt werden, beispielsweise auf dem Westast der S 4 nach Geltendorf oder auf der eingleisigen S 7 zur Kreuzstraße. Zudem müsse der Ostabschnitt der S 2 bis Markt Schwaben ausgebaut werden, in dessen Fortsetzung ja ohnehin irgendwann mal die Strecke nach Mühldorf um ein Gleis erweitert und elektrifiziert werden soll, sagt Andreas Barth vom Fahrgastverband Pro Bahn: "Diese Projekte müssen kommen - und zwar völlig unabhängig vom Prestigeobjekt zweiter Tunnel."