Welche wirtschaftliche Bedeutung die Kirchen heute für München haben, zeigt sich deutlicher noch als in Haushaltsplänen und Bilanzen darin, wie vielen Menschen sie Arbeit geben. Die Erzdiözese München und Freising beschäftigt rund 15 500 Mitarbeiter in Voll- und Teilzeit. Knapp 5800 von ihnen arbeiten alleine in den Kindertagesstätten, die von der Erzdiözese oder einer Pfarrei getragen werden, knapp 1300 Beschäftigte sind in den diözesanen Schulen tätig. Die evangelische Kirche wiederum bezahlt in den 67 Gemeinden im Münchner Dekanatsbezirk etwa 1700 Arbeitskräfte, darunter 289 Pfarrer, Diakone und Religionslehrer.
Hinzu kommt das soziale Engagement der beiden großen Kirchen. Im katholischen Erzbistum sind etwa 23 500 Mitarbeiter für die Caritas, ihre Fachverbände wie die Katholischen Jugendfürsorge, die Malteser oder zum Beispiel den Sozialdienst katholischer Frauen sowie für die angeschlossenen Träger wie die Barmherzigen Brüder oder das Familienpflegewerk tätig. Für die evangelische Innere Mission und ihre Tochterbetriebe arbeiten in der Stadt zusätzlich 2290 Menschen. Hinzu kommen in der evangelischen und in der katholischen Kirche Abertausende Ehrenamtliche, die sich in den konfessionellen Sozialbetrieben engagieren, ohne dafür bezahlt zu werden. Zum Vergleich: Bei der Stadt, dem größten Arbeitgeber Münchens, arbeiten derzeit etwa 33 000 Menschen.
Der soziale Einsatz der Amtskirchen ist dabei eine recht junge Entwicklung: Die Innere Mission gibt es seit 1884, die Caritas erst seit dem Ersten Weltkrieg; im 19. Jahrhundert waren allerdings schon diverse christliche Wohltätigkeitsvereine entstanden. Im Mittelalter dagegen spendierten Pfarreien allenfalls Almosen sowie Erlöse aus sozialen Stiftungen. Intensiver um Alte, Arme und Kranke kümmerten sich die Klöster, vor allem aber die Stadtgemeinschaft selbst.
So war auch der einst größte Sozialbetrieb Münchens, das Heilig-Geist-Spital am Ort des heutigen Viktualienmarkts, trotz seines Namens die längste Zeit kein kirchlicher oder klösterlicher Betrieb, sondern eine Stiftung unter städtischer Verwaltung. Zwar hatten das Spital zunächst Ordensbrüder betrieben, die sich der Armen- und Krankenpflege verschrieben hatten. 1330 aber verließen sie München, nachdem nicht nur Kaiser Ludwig der Bayer, der Stadt- und Landesherr, 1324 vom Papst exkommuniziert worden war, sondern auch noch das Spital bei einem Stadtbrand in Flammen aufgegangen war. Die Verwaltung des Spitals übernahm danach die Stadt.