Kaum hat sich die Lage bei der Münchner S-Bahn nach dem Chaos vom Mittwochabend beruhigt, gab es am Morgen abermals Verzögerungen auf der Stammstrecke. Weil ein Fahrgast an der Hackerbrücke medizinisch versorgt werden musste, kam es bei den Zügen Richtung Ostbahnhof zu bis zu 15 Minuten Verspätung. Fahrgäste musste außerdem damit rechnen, dass Züge kurzfristig ganz ausfallen oder wenden könnten.
Nur knapp eine Stunde, bevor von der Deutschen Bahn der Hinweis auf den morgendlichen Notarzteinsatz kam, hatte es Entwarnung für die Stammstrecke gegegeben: Auf dieser war es von Mittwochabend zu starken Beeinträchtigungen gekommen. Schuld war eine technische Störung an den Schienen am Isartor, wie eine Bahn-Sprecherin mitteilte.
Von 17.58 Uhr an fuhren die Züge deshalb mit heruntergesetzter Geschwindigkeit; Verzögerungen von mehr als 45 Minuten waren keine Seltenheit, viele Münchner warteten frierend auf S-Bahnhöfen. Die Verspätungen dauerten die ganze Nacht über; das Gleis-Problem musste erst behoben werden, um morgens wieder einen geregelten Betrieb zu ermöglichen.