Im September 1998 tritt Hildegard Hamm-Brücher aus Protest aus der bayerischen FDP aus - einen Tag, nachdem die Liberalen sich zu einer Koalitionsaussage für die CSU entschieden haben. Bis 2002 hat sie eine "bundesmittelbare Mitgliedschaft", die eigentlich für im Ausland lebende Liberale vorgesehen ist.
2002 kommt es zum endgültigen Bruch mit der FDP. Als Grund für ihren Austritt nennt Hildegard Hamm-Brücher die "andauernde, rechtspopulistische, antiisraelische und tendenziell Antisemitismus schürende Agitation" des damaligen stellvertretenden FDP-Bundesvorsitzenden Jürgen Möllemann. Sie kritisiert zudem die Führungsschwäche des liberalen Chefs Guido Westerwelle, der zu den Fehltritten Möllemanns zu lange geschwiegen habe.
(Jürgen Möllemann, links, und Guido Westerwelle 2002)