Zur neuen S-Bahnstation am Hauptbahnhof und zu allen weiteren Ebenen sollen Passagiere künftig über einen zentralen Hauptzugang gelangen. Das Umsteigen zwischen den verschiedenen öffentlichen Verkehrsmitteln soll dadurch einfacher werden, verspricht die Bahn. Über einen neuen Ostzugang ist zudem der Stachus auf kurzem Wege erreichbar. Aussteigen werden die Fahrgäste am Gleis auf den beiden Außenbahnsteigen. Der mittlere Bahnsteig dient nur zum Einsteigen. Obwohl die neue Station so tief unter der Erde liegt, ist sie - laut Bahn - mit zehn Schnellaufzügen und zahlreichen Rolltreppen in kurzer Zeit erreichbar.
Während der Bauarbeiten am Hauptbahnhof wird's eng: Auch wenn die unterirdische Station weitgehend in bergmännischer Bauweise entsteht, braucht es drei Schächte, um in die Tiefe zu gelangen: Einen auf dem Bahnhofsvorplatz im Bereich des östlichen Eingangs zur Bahnhofshalle. Er wird etwa 41 mal 14 Meter groß und 40 Meter tief sein. Das Treppenhaus zur Verteilerebene unter dem Bahnhofsplatz wird samt Dach zurückgebaut. Von diesem Startschacht aus wird der östliche Teil der drei unterirdischen Bahnsteigröhren gebaut. Der zweite Startschacht liegt im Bereich des südlichen Taxistands an der Bayerstraße. Er ist kreisrund mit einem Durchmesser von 17 Metern und einer Tiefe von knapp 28 Metern. Er dient als Bauschacht für die westlichen Bahnsteigröhren und die unter der Gleishalle gelegenen Rettungsstollen. Nach Abschluss der Bauarbeiten bleiben von diesem Schacht ein Fluchttreppenhaus und ein Feuerwehrzugang übrig. Das dritte und größte Loch misst 40 mal 60 Meter und entsteht in der Schalterhalle zum Bau des zentralen Zugangsbauwerks. Um diesen Schacht sowie das neue Untergeschoss bauen zu können, werden Teile des Bahnhofsgebäudes abgerissen. Betroffen sind der östliche Teil der Schalterhalle und Teile des nördlichen und südlichen Ladehofes. Die westlichen Gebäudeteile der Halle bleiben erhalten, ebenso der Gebäudeflügel am Bahnhofsvorplatz. Hier wird vorübergehend der zentrale Eingangsbereich zurückgebaut; der Gebäudeteil darüber bleibt als "Brücke" erhalten.