Wann genau die Bauarbeiten starten, steht noch nicht fest. Sicher ist aber, dass mindestens bis zum Jahr 2029 (laut Planung) der Hauptbahnhof eine Großbaustelle sein wird, die für Pendler und Reisende zur Belastungsprobe wird. Die Pläne des Architekturbüros Auer Weber sind nicht unumstritten. So sieht etwa der Umbau einen Abriss des 1921 errichteten und eigentlich denkmalgeschützten Starnberger Flügelbahnhofs vor. Dort soll dann ein 75 Meter hoher Turm entstehen, der in den Augen der Kritiker die Stadtsilhouette empfindlich stört. Weniger schade ist es um die bestehende Schalterhalle, die durch ein modernes Terminal ersetzt wird. Das neue Gebäude soll die Gleishalle (die erhalten bleibt) nach Osten ergänzen und aus sieben oberirdischen und zwei unterirdischen Geschossen bestehen. Die neue Eingangshalle soll nach den Vorgaben der Architekten transparent gestaltet werden, ein großes Glasdach lässt viel Licht herein.
Nicht fehlen dürfen neben den Einrichtungen der Deutschen Bahn zahlreiche Geschäfte und Gastronomie. Parallel zum Querbahnsteig ist eine neue Einkaufspassage vorgesehen. In den Obergeschossen - was der Bahn vermutlich einiges an Miete bringen wird - sind Tagungs-, Event- und Bürobereiche geplant. In der Kritik stehen auch die Pläne der Stadt, den Bahnhofsplatz vom Autoverkehr zu befreien. Ein Bahnhof muss auch mit dem Auto erreichbar sein, sagen die Kritiker. Die Befürworter finden, ein autofreier Platz bietet mehr Aufenthaltsqualität. Auch das wird noch zu diskutieren sein.