Damit er einen Ausweg aus der verfahrenen Situation am Berliner Kulturforum finde, wurde 1982 der Kunsthistoriker Wolf-Dieter Dube nach Berlin gerufen, in das - wie er selbst sagte - "wichtigste Museumsamt in Deutschland", auf den Posten also des Generaldirektors der Staatlichen Museen/Stiftung Preußischer Kulturbesitz. 1934 als Sohn eines Bankdirektors in Schwerin geboren, hatte der Spezialist für die Kunst des deutschen Expressionismus seine Laufbahn in München begonnen, war dort ab 1976 stellvertretender Generaldirektor der Bayerischen Staatsgemäldesammlungen, verantwortlich auch für Neu- und Umbauten.
In Berlin sorgte er energisch dafür, dass die seit 1965 geplante neue Gemäldegalerie nicht von Rolf Gutbrod gebaut wurde, der am Kulturforum bereits des Kunstgewerbemuseum in abschreckend brutalistischen Formen emporgewuchtet hatte. Das Münchner Büro Hilmer + Sattler gewann den Wettbewerb, und es wäre wohl auch alles nach Plan verlaufen, wenn nicht 1989 die Mauer gefallen und damit alles anders geworden wäre. Bis heute wirft man Dube vor, dass er an seinen Plänen festhielt, die Gemäldegalerie am Rande des Kulturforums errichten ließ, statt neu nachzudenken, eine Lösung auf oder an der Museumsinsel zu suchen. Seit das Haus 1998 eröffnete, reißen die Klagen über Dubes Starrsinn nicht ab. Gemeinsam mit seinem Ost-Berliner Kollegen, Günter Schade, plante er drei Kunstzentren in der Stadt: Dahlem, die Museumsinsel und das Kulturforum am Kemperplatz. Er hat diese Planungen und Entscheidungen auch während des jüngsten Berliner Streits um den künftigen Standort der Alten Meister verteidigt.
Während seiner langen, mehr als 16 Jahre dauernden Berliner Generaldirektorenzeit wurde der Hamburger Bahnhof - Museum für Gegenwart eröffnet, eine Heimstatt für die Sammlung Marx und ein Haus auch für zeitgenössische Kunst. Auch die Sammlung Berggruen wurde für Berlin gewonnen. An anderer Stelle aber konnte sich Dube nicht durchsetzen, etwa mit dem Versuch, Frank O. Gehry auf der Museumsinsel bauen zu lassen. Am Mittwoch ist Wolf-Dieter Dube im Alter von 81 Jahren gestorben.