Aus nach Bildung strebenden "Jünglingen" sollte ein tadelloser Klerus werden. Dazu gründete 1586 der Bamberger Fürstbischof Ernst von Mengersdorf das Collegium Ernestinum, eine Schule mit angeschlossenem Priesterseminar. Fürstbischof Melchior Otto Voit von Salzburg erweiterte dann 1647, als der Dreißigjährige Krieg dem Ende zuging und nicht länger plündernde Truppen das Hochstift Bamberg heimsuchten, das Jesuitenkolleg um die Fakultäten Philosophie und Theologie zu einer richtigen Akademie. Kaiser und Papst verliehen ihr im Folgejahr alle akademischen Privilegien. Eine Fakultät für Juristerei kam später hinzu, ebenso Medizin. Damit war Bamberg: Volluniversität.
Was in den Jahrhunderten danach folgte, war ein Auf und Ab - oft Ab. Mit der Säkularisation 1803 blieben nur theologisch-philosophische Studien übrig, als Lyzeum. Erst 1923 wurde wieder eine Philosophisch-Theologische Hochschule gegründet. In der langen Tradition war der Betrieb nur im Dritten Reich unterbrochen. 1945 wurde die Hochschule mit Genehmigung der Amerikaner wieder eröffnet.
Der Rektor seinerzeit, Benedikt Kraft, forderte den Aufstieg zur Landesuniversität. Damit sie, wie das katholische Heinrichsblatt damals notierte, wieder zum "geistigen Bollwerk gegen Osten" werden könne wie vor fast 1000 Jahren; um die Jahrtausendwende war das Bistum gegründet worden. Trotzdem blieb es bei der Beschränkung auf eine Philosophisch-Theologische Hochschule, die bayerische Landesregierung wollte das so.
Vielleicht ist von derlei Aktionen bis heute ein gelegentliches Naserümpfen der Bamberger Richtung München geblieben. 1958 hatte die Uni Würzburg in Bamberg eine Pädagogische Hochschule gegründet, 1972 wurde diese mit der philosophisch-theologischen Stätte zu einer Gesamthochschule fusioniert. Weitere, moderne Fakultäten kamen hinzu. Es war die Zeit der großen Bildungsexpansion, weniger als ein Zehntel eines Jahrgangs nahm damals ein Studium auf. Daher wurden, auch aus Angst vor wirtschaftlichem Niedergang, neue Hochschulen gegründet.
In Bayern konnte sich aber das Modell Gesamthochschule nicht erhalten, 1979 wurde Bamberg doch wieder Uni. Seit 1988 führt sie den Namen "Otto-Friedrich-Universität Bamberg". Damit verweist sie auf den Gründer Melchior Otto Voit von Salzburg sowie ihren großen Förderer Friedrich Karl von Schönborn , Fürstbischof und im 18. Jahrhundert auch Vizekanzler des Heiligen Römischen Reiches am Wiener Hof.
