Wenn es um die Besitzungen der Wittelsbacher geht, fällt stets der Begriff "Wittelsbacher Ausgleichsfonds" (WAF). Der gehört aber nicht der Familie. Der Fonds ist eine Stiftung des öffentlichen Rechts, die 1923 im Rahmen des Vermögensausgleichs zwischen den Wittelsbachern und dem Freistaat Bayern gegründet wurde. Die Stiftung ist Eigentümerin der bis 1918 von der Königsfamilie genutzten Schlösser, diverser Forste, der Kunstsammlungen und des Hausarchivs der Wittelsbacher. "Die Erlöse des Fonds dienen dem Unterhalt der Angehörigen der ehemaligen Dynastie", sagt Gerhard Immler, leitender Archivdirektor in München. Der Fonds wird von einem Verwaltungsrat vertreten und überwacht.
Eingestellt wurden unter anderem die Schlösser in Neuburg a. d. Donau, Berg am Starnberger See, Berchtesgaden und Ludwigshöhe in der Pfalz. Dazu die Schlösser Hohenschwangau (samt Forstbesitz) und Fürstenried, der Park bei Feldafing mit der Roseninsel, die Maxburg bei Hambach in der Pfalz, das Gärtnerplatztheater in München sowie Forstbesitz bei Ettal und Eschenlohe und land- und forstwirtschaftliche Flächen aus dem Staatsgut im Umfang von etwa 12 500 Hektar. Außerdem gehören Wohnrechte in Schloss Nymphenburg, im Alten Schloss Herrenchiemsee und in der Würzburger Residenz zum Fonds sowie die Kunstsammlungen König Ludwigs I. (1786-1868). Ein Großteil der Kunstwerke ist an Museen ausgeliehen. Sie bilden den wertvollsten Bestandteil des Fonds, bringen aber keinen Ertrag.
Der Wittelsbacher Ausgleichsfonds hat später die Schlösser in Fürstenried und Neuburg sowie den Grundbesitz in der Pfalz verkauft. Das Gärtnerplatztheater übernahm 1937 der Staat. Der Erlös aus Veräußerungen wurde laut Immler unter anderem in Mietshäusern angelegt, die von einer Immobilienverwaltung betreut werden. Der Forstbesitz untersteht der Forstdirektion in Ingolstadt. Zwischen 1975 und 2011 hatte der Wittelsbacher Ausgleichsfonds die Nymphenburger Porzellanmanufaktur gepachtet. Die Schlösser in Hohenschwangau und Berchtesgaden sind Museen. Der WAF darf nicht verwechselt werden mit der Wittelsbacher Landesstiftung. Auch sie ist eine Stiftung des öffentlichen Rechts und als solche Eigentümerin der vor dem Jahr 1800 erworbenen Kunstschätze der Dynastie. Auch hier hat die Familie nichts mitzureden. Zweck der Stiftung ist die ungeschmälerte Erhaltung der Sammlungsbestände. Die Verwaltung obliegt einem Stiftungsvorstand aus drei Personen.
Zum Privatbesitz von Familienangehörigen gehören die Schlösser Wildenwart (Max Herzog in Bayern) und Kaltenberg (Luitpold Prinz von Bayern). Zu den Stiftungen, die einst von Wittelsbachern eingerichtet wurden, bei denen die Familie aber heute ebenfalls nichts mehr zu sagen hat, gehören etwa die Kronprinz-Rupprecht-Stiftung in Würzburg (sozialer Wohnungsbau) und die Maximilians-Augenklinik in Nürnberg. Franz Herzog von Bayern, der Chef des Hauses, ist als Schirmherr, Beirat oder Mitglied in mehr als 150 Vereinen und Gremien aktiv, unter anderem beim Hilfsverein Nymphenburg. Der gibt mit Unterstützung von Spendern jedes Jahr bis zu eine Million Euro für nachhaltige Hilfsprojekte in Osteuropa und Afrika aus.